Universitas Muhammadiyah Kudus memiliki 13 program studi, meliputi 2 Program Studi Diploma Tiga (D3), 10 Program Studi Sarjana (S1) dan 1 Program Profesi

No. Program studi Jenjang Status
1 Keperawatan D3 Terakreditasi B
2 Kebidanan D3 Terakreditasi B
3 Ilmu Keperawatan S1 Terakreditasi B
4 Profesi Ners Profesi Terakreditasi B
5 Farmasi S1 Proses Akreditasi
6 Ekonomi Syariah S1 Proses Akreditasi
7 Akuntansi S1 Proses Akreditasi
8 Teknik Industri S1 Proses Akreditasi
9 Hukum S1 Proses Akreditasi
10 Sistem Informasi S1 Proses Akreditasi
11 Ilmu Komputer S1 Proses Akreditasi
12 Pendidikan Guru Sekolah Dasar S1 Proses Akreditasi
13 Matematika S1 Proses Akreditasi
X